Genómica Traslacional y Bioinformática

Responsable

Luz Leticia Olavarrieta Scappini

Personal

Bioinformática

Dr. Val Fernández Lanza (responsable)

Genómica Traslacional

Dra. Leticia Olavarrieta (responsable)

Laura Rodríguez Fernández (TGS.Lab)

Miguel A. Llorente Artero (TGS. Lab)

Víctor M. de la Cueva García (TGS. Lab)

Contacto

Bioinformátiica

bioinformatica(ELIMINAR)@irycis.org

Genómica Traslacional

+34 91 336 89 59
uca-gt(ELIMINAR)@irycis.org

  • Equipamiento

    Laboratorio 1 - Zona de Pre-amplificación

    • Chemagic Magnetic Separation Module I (Chemagic MSM I) (Chemagen, PerkinElmer)
    • Espectrofotómetro Nanodrop 2000
    • Bioanalizador Agilent 4150 TapeStation System
    • Fluorímetro Qubit 2.0
    • Varioskan LUX de Thermoscientific
    • Congeladores -80ºC y -20 ºC
    • Neveras 4ºC
    • Sistemas de control de temperatura y gestión de alarmas.
    • Lector de códigos bidimensionales TRACKER de los tubos de almacenamiento de muestras.
    • Aplicación web para el registro y trazabilidad de las muestras, y para la gestión del espacio de los almacenes (Bio-e-bank, VITRO)

    Laboratorio 2 - Zona de Post-amplificación

    • 2 PCRs System 9700 de AppliedBiosystems
    • VeritiPro 96-Well ThermalCycler de AppliedBiosystems
    • Secuenciador MiSeq de Illumina

    • Bioanalizador Agilent (Bioanalyzer Agilent 2100)
    • QuantStudio™ Absolute Q™ Digital PCR System – Infraestructura financiada por el Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) y los fondos Next Generation EU (IFEQ21/00175)

    Bioinformática

    • Servidor HPC para análisis NGS
    • Servidor GPU para aplicaciones AI/ML
    • Workstations de trabajo individual.
    • 3 Cabinas de almacenamiento de alta capacidad.
  • Destacables
    • Acuerdos de colaboración firmados con varias empresas tecnológicas, pertenecientes a ASEBIO (Asociación Española de Bioempresas), y con universidades públicas y privadas nacionales e internacionales.
    • Docentes en cursos de Técnicas de Investigación Traslacional, Ciencias Ómicas y Técnicas de Secuenciación Masiva (NGS).
    • Garantía de calidad en el almacenamiento y procesamiento de las muestras, manteniendo la trazabilidad de las mismas, seguimiento de protocolos normalizados de trabajo (PNTs). Plan de limpieza, mantenimiento y verificación del laboratorio y los equipos.
    • Formación continua del personal del laboratorio.
    • Clúster de computación principal con 32 cpu-cores y 526Gb de memoria RAM.
    • Cabina de almacenamiento de 40Tb y una conexión a internet de banda ancha con fibra óptica dedicada
    • Todos los IPs del IRYCIS pueden solicitar una cuenta en el servidor de forma gratuita
    • Todas las cuentas del personal interno del IRYCIS incluyen gratuitamente: 400 horas-core de computación por mes y 1Tb de almacenamiento.
    • Los descuentos no son acumulables entre distintas cuentas del mismo IP.
    • Cada IP del IRYCIS tiene derecho a una única cuenta con estos descuentos, cualquier cuenta extra que se solicite compartirá los descuentos de la cuenta principal.
  • Cartera de servicios

    **Se dispone de tarifas para todos los servicios. Consultar en la Unidad

    Extracción de ácidos nucleicos - ADN *

    Servicio Unidad Condiciones
    Extracción ADN de 2 ml de sangre_manual €/muestra o reacción 1 muestra
    Extracción ADN de 250 mg de heces_manual 1 muestra
    Extracción ADN de 5 ml de sangre_cabezal 12 1 muestra
    Extracción ADN de 400 ul de sangre_cabezal 96 96 muestras
    Extracción ADN de 2 ml de saliva_cabezal 12 Nº de muestras inferior a 12 unidades consultar tarifa (1)
    Extracción de ADN  de sangre seca (papel 3,2 mm)_cabezal 96 Nº de muestras inferior a 96 unidades consultar tarifa (1)
    Extracción ADN de Tejido fresco 10 mg (tejido o células animales)_cabezal 12 Nº de muestras inferior a 12 unidades consultar tarifa (1)
    Extracción ADN de Tejido fresco 10 mg (tejido o células animales)_cabezal 96
    Extracción ADN de Tejido FFPE 10 µm section_cabezal 96 Nº de muestras inferior a 96 unidades consultar tarifa (1)
    Extracción ADN (1,5 ml de cultivo bacteriano)_cabezal 96

    Nº de muestras inferior a 96 unidades consultar tarifa (1)

    Extracción ADN de FFPE_ 1 muestra
    Extracción ADN de cultivo bacteriano_manual 1 muestra
    Extracción ADN de orina_manual 1 muestra
    Extracción ADN de saliva_manu 1 muestra

    Extracción de ARN (1)

    Servicio Unidad
    Extracción ARN de 2,5 ml de sangre en tubos PAX-gene_cabezal 12 €/muestra o reacción
    Extracción ARN de 2,5 ml de sangre en tubos PAX-gene_manual
    Extracción ARN de FFPE_manual
    Extracción ARN de suero/plasma/células_manual

    Extracción de ADN y ARN Especiales

    Servicio Unidad
    *Preguntar por otras tarifas: ADN de líquido amniótico, plasma, frotis bucal, ADN/ARN viral, etc... €/muestra o reacción

    Análisis de ácidos nucleicos (1)

    Servicio Unidad Condiciones
    Análisis de ADN  alta sensibilidad por electroforesis capilar_Tape Station 2200 €/muestra o reacción Nº de muestras de 48 o más unidades consultar tarifa (1)
    Análisis de ADN  amplio rango por electroforesis capilar_Tape Station 2200
    Análisis de ADN  genómico por electroforesis capilar_Tape Station 2200
    Análisis de ARN alta sensibilidad por electroforesis capilar_Tape Station 2200
    Análisis de ARN amplio rango por electroforesis capilar_Tape Station 2200


    Cuantificación de ácidos nucleicos

    Servicio Unidad Condiciones
    Cuantificación de ADN o ARN  por absorbancia UV (Nanodrop) y por fluorimetría (Qubit 2,0) €/muestra o reacción  
    Cuantificación de ADN o ARN  por absorbancia UV (Nanodrop)  
    Cuantificación de ADN o ARN por absorbancia UV (Nanodrop). Placa de 96 muestras. Nº mínimo de muestras = 48
    Cuantificación de ADN o ARN por absorbancia UV (Nanodrop). Autoservicio (6)  
    Cuantificación de ADN o ARN  por fluorimetría_Qubit 2,0  
    Cuantificación de ADN o ARN  por fluorimetría_Qubit 2,0. Placa de 96 muestras. Nº mínimo de muestras = 48

    Cuantificación de ADN o ARN por fluorimetría_Qubit 2,0. Autoservicio (6)

     
    Análisis bioinformático primario de datos de secuenciación  
    Determinación molecular en fluidos biológicos  

    Cuantificación por chip Bioanalyzer

    Servicio Unidad
    Cuantificación de ARN small (8) 1 muestra €/chip
    Cuantificación de ARN (8) 1 muestra €/chip
    Cuantificación de ADN (8) 1 muestra €/chip

    PCR DIGITAL

    Servicio Unidad
       
    Cuantificación absoluta de ácidos nucléicos (Cuant.+ chips+reactivos+sondas)(7) 1 muestra €/chip
    Cuantificación absoluta de ácidos nucléicos (NO sondas)(7) 1 muestra €/chip
    Cuantificación absoluta de ácidos nucléicos (Servicio técnico+Uso de  equipo)(7) 1 muestra €/chip
    Cuantificación absoluta de ácidos nucléicos (Sólo uso de equipo)(7) 1 muestra €/chip
    Detección y cuantificación de patógenos 1 muestra €/chip
    Estudios de expresión génica  
    Diseño de experimento PCR DIGITAL: Absolute Q™  


    Secuenciación Sanger

    Servicio Unidad
    Secuenciación Sanger Tubo €/muestra o reacción
    Secuenciación Sanger Placa (48/96)


    Paneles Dirigidos (NGS)

    Servicio
    Generación de librerías (2)

    Metagenómica (NGS)

    Servicio
    Metagenómica (secuenciación de ARNr 16S-18S e ITS). 

    Whole Genome Secuencing (NGS)

    Servicio
    Whole Genome Secuencing  

    Generación de librerías para NGS + carrera de MiSeq (5)

    Servicio
    Carrera Kit v2 PE: 2X150pb (300 ciclos): ~30 millones de lecturas
    Carrera Kit v3 PE: 2X75pb (150 ciclos): ~50 millones de lecturas
    Carrera Kit v3 PE: 2X300pb (600 ciclos): ~50 millones de lecturas
    Carrera Kit v2 Micro PE: 2X150pb (300 ciclos): ~8 millones de lecturas
    Carrera Kit v2 Micro PE: 2X150pb (300 ciclos): ~2 millones de lecturas
    Carrera Kit v2 Micro PE: 2X150pb (500 ciclos): ~2 millones de lecturas
    Carrera en MiSeq (incluye cartucho y reactivos de carrera) (3) (5)
    Carrera Kit v2 PE: 2X150pb (300 ciclos): ~30 millones de lecturas
    Carrera Kit v3 PE: 2X75pb (150 ciclos): ~50 millones de lecturas
    Carrera Kit v3 PE: 2X300pb (600 ciclos): ~50 millones de lecturas
    Carrera Kit v2 Micro PE: 2X150pb (300 ciclos): ~8 millones de lecturas
    Carrera Kit v2 Nano PE: 2X150pb (300 ciclos): ~2 millones de lecturas
    Carrera Kit v2 Nano PE: 2X250pb (500 ciclos): ~2 millones de lecturas


    Carrera en MiSeq (sólo uso de equipo) (4)

    Servicio
    Carrera 150 ciclos
    Carrera 300 ciclos
    Carrera 600 ciclos


    Generación de librerías para NGS + carrera NextSeq 550 (5)

    Servicio
    Carrera Kit v2 NextSeq High Output PE: 2X150pb (3000 ciclos): >400 millones de lecturas
    Carrera Kit v2 NextSeq High Output PE: 2X75pb (150 ciclos): >400 millones de lecturas
    Carrera Kit v2 NextSeq  Mid output PE: 2X150pb (3000 ciclos): >130 millones de lecturas
    Carrera Kit v2 NextSeq  Mid output PE: 2X75pb (150 ciclos): >130 millones de lecturas


    Carrera en NextSeq 550 (incluye cartucho y reactivos de carrera) (3) (5)

    Servicio
    Carrera Kit v2 NextSeq High Output PE: 2X150pb (3000 ciclos): >400 millones de lecturas
    Carrera Kit v2 NextSeq High Output PE: 2X75pb (150 ciclos): >400 millones de lecturas
    Carrera Kit v2 NextSeq  Mid output PE: 2X150pb (3000 ciclos): >130 millones de lecturas
    Carrera Kit v2 NextSeq  Mid output PE: 2X75pb (150 ciclos): >130 millones de lecturas

    Carrera en NextSeq 550 (sólo uso de equipo) (4)

    Servicio
    Carrera de 150 ciclos
    Carrera de 300 ciclos


    Carrera en NovaSeq 6000 (1)

    Servicio
    Carreras desde 800 millones de lecturas


    Arrays CGH (hibridación comparativa de genoma)

    Servicio
    Array CGH 60k
    Array CGH 180k-HD
    Array CGH 180k-SNP


    MLPA

    Servicio Unidad Condiciones
    MLPA €/muestra o reacción Para varias muestras consultar precio


    Genotipado de microsatélites

    Servicio
    Análisis de microsatélites


    Citogenética

    Servicio Unidad
    Cariotipo €/muestra o reacción
    FISH


    Varios (1)

    Servicio
    Controles de ADN genómico
    Real-time PCR/Discriminación alélica
    Otras determinaciones o estudios genéticos/genómicos


    Prestación

    Servicio Unidad
    Uso de termocicladores €/hora
    Purificación de producto de PCR mediante ExoSap €/muestra o reacción


    Asesoría

    Servicio Unidad
    Diseño de experimentos /oligonucleótidos €/hora
    Asesoramiento técnico experimental €/hora


    Análisis bioinformáticos (1)

    Servicio
    Análisis secundarios y/o terciarios de los datos brutos

    NOTAS

    1. Consultar tarifas, ya que el coste base varía para cada aplicación y para cada experimento.
    2. Re secuenciación de paneles de genes humanos (PCRs usuario, PCRs multiplex, captura), RNAseq, genoma mitocondrial, genomas de microorganismos, virus gripe A, metagenoma 16S, aptámeros, miRNAs, etc.
    3. Reactivos de carrera + flowcell + uso de equipo.
    4. Sólo uso del equipo; el usuario aporta el cartucho y los reactivos para la carrera.
    5. SP: según presupuesto
    6. El autoservicio incluye uso del equipo siempre supervisado por personal de la Unidad
    7. Mínimo 4 muestras para correr un chip.
    8. Mínimo 11 muestras para correr un chip.