Investigadores del IRYCIS publican el estudio más completo hasta la fecha sobre variantes del VIH-1 en población pediátrica, adolescente y adulta en Kinshasa, RD Congo
"Nuestro estudio refuerza el uso de sangre seca como un tipo de muestra útil y alternativa a la sangre completa o plasma en estudios de vigilancia epidemiológica molecular del VIH en países o entornos con limitaciones para la toma, almacenamiento o transporte de sangre" – Dra. Holguín -.
El Laboratorio de Epidemiología Molecular del VIH-1 cuya responsable es la Dra. ÁFRICA HOLGUÍN y que pertenece al Servicio de Microbiología del Hospital Universitario Ramón y Cajal y al Grupo Biología y Evolución de Microorganismos del IRYCIS, lidera el trabajo que ha sido publicado en abierto recientemente en la prestigiosa revista Scientifics Report. Asimismo, cuenta con la colaboración de los grupos del Dr. Juan Carlos Galán, Jefe de Sección Virología del Servicio de Microbiología de nuestro Hospital, y del Dr. Gabriel Reina (Clínica Universidad de Navarra) y clínicos del Hospital de Monkole de Kinshasa (República Democrática del Congo, RD Congo) encabezados por el Dr. Adolphe Ndarabu.
Esta investigación supone el análisis epidemiológico molecular más completo que se haya publicado hasta la fecha sobre las variantes del VIH-1 que infectan a población pediátrica, adolescente y adulta en Kinshasa, origen de la pandemia del VIH-1.
Para ello se ha realizado una investigación exhaustiva analizando la diversidad de variantes del VIH-1 en 2.806 niños, adolescentes y adultos con VIH en este país africano mediante reconstrucciones filogenéticas y análisis bioinformáticos en todas las secuencias de virus en la región codificante de las principales dianas terapéuticas (región viral pol) disponibles en personas infectadas en ese país. Ello incluía nuevas secuencias virales que el grupo generó a partir de nuevas muestras de sangre seca (Dried Blood Spots, DBS) tomadas de 165 personas infectadas en Kinshasa en los últimos años (2016-2018). Así, el trabajo aporta los datos más recientes de las variantes del VIH-1 en la RD Congo y sus tendencias temporales desde la primera secuencia disponible en el país tomada en una muestra recuperada en 1976 hasta la última en 2018, así como en Kinshasa, su capital, de 1983 a 2018. También se analizaron eventos de recombinación y se identificaron grupos de transmisión reciente en la cohorte de estudio.
Los estudios de vigilancia de la epidemiología molecular del VIH-1 son importantes a nivel mundial y de interés en cualquier entorno. Pero son aún más interesantes en un área con una alta diversidad viral, origen de la pandemia de VIH-1, donde el virus ha estado circulando durante más tiempo y podrían surgir nuevas variantes más patógenas o transmisibles. Actualmente se han descrito más de 133 variantes del VIH en base a su homología genética, divididas en tipos, grupos, subtipos, sub-subtipos, y recombinantes circulantes (CRF) y únicos (URF). Por eso el trabajo se centró en estudiar la distribución temporal de cada una de las variantes del VIH-1 en el gen pol y la diversidad genética viral en el país y en Kinshasa desde el principio de la pandemia hasta la actualidad. Para ello se compararon las variantes virales en las 165 nuevas secuencias generadas por el equipo de trabajo a partir de DBS tomados entre 2016-2018 en Kinshasa con las variantes reclasificadas por el equipo investigador a partir de las 2.641 secuencias pol depositadas en la base de datos de Los Álamos (LANL) por otros autores hasta la fecha de estudio. Estas últimas habían sido tomadas en muestras de pacientes con VIH de la RD Congo de 1976-2012 y en Kinshasa de 1983-2008. Se reclasificaron previamente las variantes virales en todas las secuencias del VIH depositadas en LANL antes de 2016 con nuevos análisis filogenéticos para incluir las nuevas variantes del VIH-1 identificadas en los años más recientes.
De 2016-2018 los principales subtipos que circulaban en el país fueron el A (26,7%), G (9,7%) y C (7,3%). Los recombinantes entre subtipos representaron un tercio de las infecciones, siendo el 12,7% CRF y 23,6% URF (recombinantes más complejos). Se identificó el primer recombinante CRF47_BF informado en África y 4 grupos de transmisión, 3 de ellos recientes. También se observó un aumento significativo del subtipo A y del subtipo F1 en Kinshasa entre 2016-2018, así como una reducción significativa del sub-subtipo A1 y del subtipo D, en comparación con variantes que circulaban en esa ciudad de 1983 a 2008.
Este trabajo proporciona información única y actualizada sobre la epidemiología molecular del VIH-1 en la RD Congo, y sobre las variantes del VIH-1 que circulan actualmente en Kinshasa. También presenta una revisión completa de las tendencias temporales de los subtipos, y recombinantes CRF y URF en ese país durante 43 años, proporcionando los datos más amplios sobre niños y adolescentes en toda la historia de la epidemia en el país.
M. Rubio-Garrido, JM. González-Alba, G. Reina, A. Ndarabu, D. Barquín, S. Carlos, JC. Galán and Á. Holguín. Current and historic HIV-1 molecular epidemiology in paediatric and adult population from Kinshasa in the Democratic Republic of Congo. Scientific Reports 2020, Oct 28;10(1):18461.
